为了治理南淝河，合肥市建立南淝河流域“四级”河长体系，聘请人大、政协6名行业人士担任河道巡查员、河长参谋员。实施《南淝河水体达标方案》，22项工程项目中，11项已完工，1项基本完工。实施南淝河“一河一策”达标方案，纳入2019年南淝河流域水环境治理项目共57项，工程总投资126.7亿元，目前完成1项，正在实施29项，项目前期27项。
整个南淝河流域共建设污水处理厂11座，处理规模达129万立方米/天。目前4座污水处理厂正在扩建，扩建规模49万立方米/天。建设南淝河流域初期雨水调蓄设施，控制雨季城市面源污染，目前已建成杏花调蓄池和逍遥津调蓄池，共2.4万立方米。实施十八里联圩生态湿地一期项目建设，修复湿地3400亩，完成水系沟通12公里。
合肥市还开展南淝河流域“一干八支”河道底泥清淤，计划清淤140公里河道，清淤总量约260万方。目前已完成南淝河干流(西二环至二道桥，绿色港湾到施口、清Ⅰ、Ⅱ冲至亳州路桥)、关镇河、四里河、店埠河、板桥河西支、二十埠河(肥东段)等河道清淤工作，清除淤泥量约10万方。
截至目前，已完成南淝河流域市政雨污水管网调查3773公里，调查完成率98%，完成整改2050处，整改完成率54.3%。强化流域内重点排口整治，定期组织巡查，督促各辖区对上半年发现的123个存在旱季污水入河现象的排口进行整改，目前上报完成整改38处。规范排口截流设施，建成自动化截流闸阀73座，整改完成率76.8%。
为了加强水质监测，合肥市环保部门在南淝河流域共建设23个自动水质监测站，目前21个站点监测设备安装到位，8个站点建成并运行。
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